Kluczowa różnica między mitochondriami a kinetoplastami polega na tym, że mitochondria to eukariotyczne organelle komórkowe, które wytwarzają energię (ATP). Tymczasem kinetoplast to sieć kolistego DNA obecnego w dużym mitochondrium, szczególnie u pierwotniaków z klasy Kinetoplastea.
Komórki eukariotyczne mają różne typy organelli komórkowych. Te różne organelle pełnią różne funkcje w żywej komórce. Spośród nich mitochondria są jednymi z organelli związanych z błoną obserwowanych w komórce eukariotycznej. Są organellami odpowiedzialnymi za produkcję energii (w postaci ATP) w komórkach. Dlatego są uważane za potęgę komórki. Mitochondria mają swój własny genom, którym jest kolisty DNA dziedziczony po matce. Kinetoplast to sieć kolistego DNA widoczna w dużym mitochondrium organizmów należących do klasy Kinetoplastida. Dlatego kinetoplasty są widoczne tylko w tej subdomenie eukariotycznej.
