Kluczowa różnica między protostomami a deuterostomami polega na tym, że u protostomów blastopor staje się ustami, podczas gdy u deuterostomów staje się odbytem. Inną istotną różnicą jest to, że zarodki protostomów ulegają rozszczepieniu spirali, podczas gdy zarodki deuterostomów ulegają rozszczepieniu promieniowemu.
Rozumiejąc te dwa terminy, należałoby zwrócić uwagę na to, jak zachodzi embrionalny rozwój organizmów. Szczególnie ważne byłoby rozważenie zwierząt z koelomą, która jest wypełnioną płynem jamą leżącą między endodermą (jelitem) a mezodermą (głównie warstwa mięśniowa); innymi słowy, coelom to otrzewna u ssaków. Protostomy i deuterostomy to dwa główne typy zwierząt koelomatów i istnieje między nimi wiele różnic. Różnią się przede wszystkim sposobem, w jaki formują się usta i odbyt podczas rozwoju embrionalnego.
