Kluczowa różnica między amniopunkcją a próbką kosmówki kosmówkowej polega na tym, że w przypadku amniopunkcji pobiera się niewielką ilość płynu owodniowego do badania, podczas gdy podczas pobierania próbek kosmków kosmówki pobiera się małą próbkę łożyska do badania.
Amniopunkcja i pobieranie próbek kosmówki kosmówkowej to dwie prenatalne procedury diagnostyczne, które określają pewne nieprawidłowości genetyczne płodu. Testy te ujawniają wady genetyczne w czasie ciąży. W przypadku wyższego ryzyka wystąpienia wad genetycznych lekarze zlecają pobranie próbek kosmówki kosmówkowej, natomiast przy stosunkowo niskim ryzyku wykonanie amniopunkcji. Oba testy są bezpieczne, ale test kosmówki kosmówkowej wiąże się z nieco większym ryzykiem poronienia niż amniopunkcja. Ponadto badanie kosmówki kosmówkowej można wykonać nieco wcześniej niż amniopunkcję. Kobieta w ciąży może rozważyć pobranie próbek kosmówki kosmówkowej lub wykonanie amniopunkcji w takich przypadkach, jak wykonanie badania przesiewowego wysokiego ryzyka w kierunku zespołu Downa, w przypadku wystąpienia wad genetycznych podczas poprzedniej ciąży,posiadanie jednego lub kilku krewnych dotkniętych chorobą genetyczną, badanie USG wykazujące pewne nieprawidłowe cechy USG lub upewnienie się, że jej dziecko ma wady genetyczne itp.