Kluczowa różnica między embrionalnymi i somatycznymi komórkami macierzystymi polega na tym, że zarodkowe komórki macierzyste są pluripotencjalnymi, niezróżnicowanymi komórkami pochodzenia embrionalnego, podczas gdy somatyczne komórki macierzyste są multipotencjalnymi niezróżnicowanymi komórkami pochodzenia tkankowego i narządowego.
Komórki macierzyste to niezróżnicowane komórki, które są zdolne do rozwoju w prawdziwych tkankach lub narządach. Ogólnie rzecz biorąc, istnieją dwa główne typy komórek macierzystych, takie jak embrionalne komórki macierzyste i dorosłe komórki macierzyste (somatyczne komórki macierzyste). W przypadku różnicowania zarodkowe komórki macierzyste mogą różnicować się w komórki dowolnego typu. Natomiast somatyczne komórki macierzyste mogą różnicować się tylko w kilka komórek specyficznych dla tkanki. Dlatego embrionalne komórki macierzyste są pluripotencjalne, podczas gdy somatyczne komórki macierzyste są multipotencjalne. Krótko mówiąc, zdolność różnicowania jest wysoka w embrionalnych komórkach macierzystych w porównaniu z somatycznymi komórkami macierzystymi.