Kluczowa różnica między sekwencjonowaniem klonowania przez klonowanie a sekwencjonowaniem strzelby polega na sposobie ich postępowania. Metoda Clone by Clone Sequencing obejmuje mapowanie chromosomów i klonowanie przed sekwencjonowaniem, podczas gdy klonowanie przez shotgun sekwencjonowanie pomija zarówno mapowanie chromosomów, jak i etapy klonowania podczas sekwencjonowania.
Klonowanie przez sekwencjonowanie klonów i klonowanie przez sekwencjonowanie shotgun to dwie metody współczesnego sekwencjonowania genomu. Klonowanie przez klonowanie sekwencjonowania jest bardziej niezawodną metodą sekwencjonowania. Jednak metoda klonowania przez sekwencjonowanie strzelby jest szybsza i tańsza. Artykuł skupia się na subtelnej różnicy między sekwencjonowaniem klonowania przez klonowanie a sekwencjonowaniem strzelby.