Kluczowa różnica między protonem a elektronem polega na tym, że proton jest cząstką subatomową znajdującą się w jądrze atomu, podczas gdy elektrony to cząsteczki krążące wokół jądra.
Atomy są budulcem wszystkich istniejących substancji. Atom zawiera jądro, które ma protony i neutrony. Elektrony krążą wokół jądra na orbitali. Ponadto w jądrze znajdują się inne małe cząstki subatomowe. Większość przestrzeni w atomie jest pusta. Siły przyciągania pomiędzy dodatnio naładowanym jądrem (dodatni ładunek protonów) a ujemnie naładowanymi elektronami zachowują kształt atomu.