Kluczową różnicą między zmiennością antygenową i fazową jest to, że zmienność antygenowa jest mechanizmem, który odnosi się do ekspresji antygenowo odrębnych białek, węglowodanów lub lipidów na ich powierzchniach, podczas gdy zmienność fazowa jest odwracalną wysoką częstotliwością włączania i wyłączania ekspresji fenotypu.
Zmienność antygenowa i zmienność fazowa to dwa rodzaje mechanizmów molekularnych wykorzystywanych przez patogeny w celu uniknięcia odpowiedzi immunologicznej gospodarza. Są ze sobą spokrewnieni. Mechanizmy te umożliwiają drobnoustrojom, zwłaszcza bakteriom, przystosowanie się do więcej niż jednego środowiska. W wyniku zmienności fazowej i antygenowej powstaje heterogenny fenotyp klonalnej populacji bakterii. W tej populacji poszczególne komórki wyrażają białka o zmiennej fazie lub jedną z wielu form antygenowych białka. Te odmiany są głównie strategiami wirulencji wykonywanymi przez patogeny.
