Kluczową różnicą między pączkowaniem a tworzeniem zarodników jest to, że pączkowanie jest rodzajem rozmnażania bezpłciowego, w którym nowy organizm pochodzi z małej struktury przypominającej pączek rozwiniętej na organizmie macierzystym, podczas gdy tworzenie zarodników jest formą rozmnażania bezpłciowego, w którym nowe osobniki pochodzą bezpośrednio z zarodników rodzica.
Pączkowanie i tworzenie zarodników to dwie różne metody rozmnażania bezpłciowego. Zarówno pączkowanie, jak i tworzenie zarodników obejmują samotnego rodzica. W związku z tym nie ma mieszania ani wymiany materiału genetycznego. Dlatego potomstwo powstałe w wyniku pączkowania i tworzenia zarodników jest genetycznie identyczne z organizmem rodzicielskim.
