Kluczową różnicą między chimerą a mozaiką jest liczba zygot zaangażowanych w tworzenie się każdego organizmu. Różne populacje komórek pochodzą z dwóch zygot w chimerze, podczas gdy różne populacje komórek pochodzą z jednej mozaiki zygoty.
Chimera i mozaika były początkowo mitycznymi koncepcjami kombinacji genetycznej. Jednak wraz z postępem genetyki i biologii molekularnej możliwe było obecnie naukowe wyjaśnienie zjawiska chimeryzmu i mozaicyzmu. Zarówno w przypadku chimeryzmu, jak i mozaicyzmu, niektóre komórki ciała mają inny genom. Zatem ta sama tkanka może zawierać dwie lub więcej różnych populacji komórek. Ponadto dwie zygoty uczestniczą w tworzeniu zarodka, który przekształca się w chimerę, podczas gdy pojedyncza zygota uczestniczy w tworzeniu zarodka, który rozwija się w mozaikę. Mutacja we wczesnym rozwoju jest przyczyną mozaicyzmu, podczas gdy udział dwóch różnych zygot jest przyczyną chimeryzmu.
