Kluczowa różnica między kotransportem a kontrtransportem polega na tym, że kotransport jest formą wtórnego transportu aktywnego, który przenosi dwa rodzaje cząsteczek jednocześnie przez błonę plazmatyczną w tym samym lub przeciwnym kierunku. Z drugiej strony transport przeciwny jest jedną z dwóch form transportu współtransportowego, w ramach którego przez błonę komórkową transportowane są dwa typy cząsteczek jednocześnie w przeciwnym kierunku.
Cząsteczki wchodzą i wychodzą przez selektywną błonę plazmatyczną komórki. Istnieje kilka rodzajów białek transportujących błonę. Cotransport i kontrtransport to dwa rodzaje wtórnego transportu aktywnego. Cotransport przenosi jednocześnie dwa różne typy cząsteczek w ruchu sprzężonym, podczas gdy kontrtransport lub wymiana jest rodzajem kotransportu, który przenosi dwa typy cząsteczek w przeciwnym kierunku przez membranę.
