Kluczową różnicą między komplementacją a rekombinacją jest to, że komplementacja to zdolność dwóch mutantów w połączeniu do przywrócenia normalnego fenotypu, podczas gdy rekombinacja to wymiana materiału genetycznego między chromosomami, powodująca fizyczne zmiany w chromosomach.
Komplementacja i rekombinacja to dwie koncepcje, które dają genetycznie różne organizmy. Komplementacja przywraca normalny fenotyp, gdy dwa mutanty łączą się, podczas gdy rekombinacja prowadzi do powstania organizmu o zmienionym składzie genetycznym w wyniku wymiany materiału genetycznego między organizmami.