Kluczową różnicą między DNA a chromosomem jest organizacja ich struktury. DNA jest dwuniciowym zwiniętym polimerem złożonym z dezoksyrybonukleotydów, podczas gdy chromosom jest strukturą podobną do nitki złożonej z cząsteczek DNA ściśle zwiniętych z białkami histonowymi.
DNA i chromosomy to dwa różne poziomy organizacji strukturalnej materiału genetycznego. DNA to prostsza struktura złożona z podwójnej helisy nukleotydów. Natomiast chromosomy są złożoną, zorganizowaną strukturą złożoną z białka i DNA zwiniętego w określony sposób. Chociaż DNA i chromosom różnią się od siebie organizacją struktur, oba odgrywają ważną rolę w określaniu fizycznych i funkcjonalnych właściwości organizmu na podstawie przechowywanego materiału dziedzicznego.