Kluczowa różnica między barierą krew-mózg a krwią CSF polega na tym, że bariera krew-mózg jest barierą, która oddziela tkankę krwi i tkankę mózgową, podczas gdy bariera krew-mózg jest barierą funkcjonalną, która oddziela tkankę krwi i płyn mózgowo-rdzeniowy.
Bariera krew-mózg i bariera CSF krwi to dwie bariery ochronne w mózgu. Odgrywają również ważną rolę w transporcie cząsteczek przez mózg i tkanki krwi obwodowej. Poza tym obie bariery mają ciasne połączenia ułatwiające przenoszenie nietoksycznych związków do mózgu.