Kluczowa różnica między odpornością komórkową i przeciwciałami polega na tym, że odporność komórkowa niszczy cząsteczki zakaźne poprzez lizę komórek przez cytokiny, bez wytwarzania przeciwciał, podczas gdy odporność za pośrednictwem przeciwciał niszczy patogeny poprzez wytwarzanie swoistych przeciwciał przeciwko antygenom.
Odporność komórkowa i odporność za pośrednictwem przeciwciał to dwa typy podstawowych mechanizmów obronnych zachodzących w naszym organizmie. Odporność komórkowa działa przeciwko patogenom wewnątrzkomórkowym. Dlatego działa wewnątrz zakażonych komórek i niszczy patogeny, uwalniając cytokiny. W przeciwieństwie do tego, odporność za pośrednictwem przeciwciał działa przeciwko patogenom pozakomórkowym, wytwarzając przeciwciała przeciwko antygenom obecnym poza zakażonymi komórkami lub swobodnie krążącymi we krwi. Ponadto limfocyty B głównie przenoszą odporność, w której pośredniczy przeciwciała, podczas gdy limfocyty T wywołują odporność komórkową.