Kluczowa różnica między kongenerem a izomerem polega na tym, że kongener odnosi się do związków chemicznych o podobnej budowie i podobnych właściwościach. Tymczasem izomer odnosi się do cząsteczek o tym samym wzorze chemicznym, ale różnych strukturach.
Terminy kongener i izomer odnoszą się do grup związków, które są pogrupowane według ich podobieństw. Termin kongener może mieć różne definicje, ale w chemii najczęściej używamy definicji, która stwierdza, że kongener to związki chemiczne o podobnej budowie i podobnych właściwościach. Z drugiej strony izomery są związkami o różnych strukturach, ale podobnym składzie atomowym; stąd też mają inne właściwości.
