Kluczowa różnica między bakteriami fotosyntetycznymi i chemosyntetycznymi polega na tym, że bakterie fotosyntetyczne pozyskują energię ze światła słonecznego w celu produkcji węglowodanów, podczas gdy bakterie chemosyntetyczne pozyskują energię z utleniania substancji nieorganicznych w celu produkcji węglowodanów.
Organizmy można podzielić na kategorie na podstawie sposobu odżywiania się. Autotrofy i heterotrofy to dwie takie główne kategorie. Autotrofy mogą wytwarzać własne pożywienie, podczas gdy heterotrofy są zależne od innych organizmów w zakresie żywności, ponieważ nie mogą wytwarzać własnej żywności. W celu wyprodukowania własnej żywności lub węglowodanów autotrofy wykorzystują dwa główne procesy: fotosyntezę i chemosyntezę.
Fotosynteza zasilana jest energią słoneczną, podczas gdy chemosynteza jest zasilana energią pochodzącą z utleniania związków chemicznych, głównie nieorganicznych. Istnieją bakterie fotosyntetyczne i bakterie chemosyntetyczne. Bakterie fotosyntetyczne wytwarzają żywność w procesie fotosyntezy, podczas gdy bakterie chemosyntetyczne wytwarzają żywność dzięki energii uzyskanej z rozpadu chemicznego.