Kluczowa różnica między pasożytem a bakterią polega na tym, że bakterie są jednokomórkowymi mikroskopijnymi prokariotami żyjącymi wszędzie, podczas gdy pasożyty to organizmy, które żyją na lub w swoich gospodarzach i powodują infekcje u gospodarzy.
Pasożyty i bakterie to organizmy, które przypominają bardzo prymitywne organizmy, ale mają duże zdolności adaptacyjne, aby przetrwać w różnych warunkach środowiskowych. Dla ludzi te organizmy są najważniejsze, ponieważ większość ludzkich zakażeń jest przez nie spowodowana. Czasami niektóre bakterie są uważane za pasożyty.