Kluczowa różnica między parowaniem zasad Watsona, Cricka i Hoogsteena polega na tym, że parowanie zasad Watsona i Cricka jest standardowym sposobem opisywania tworzenia się par zasad między purynami i pirymidynami. Tymczasem parowanie zasad Hoogsteena jest alternatywnym sposobem tworzenia par zasad, w których puryna przyjmuje inną konformację w stosunku do pirymidyny.
Nukleotyd ma trzy składniki: zasadę azotową, cukier pentozowy i grupę fosforanową. Istnieje pięć różnych zasad azotowych i dwa cukry pentozowe zaangażowane w strukturę DNA i RNA. Kiedy te nukleotydy tworzą sekwencję nukleotydów, uzupełniające się zasady, puryny lub pirymidyny, tworzą między nimi wiązania wodorowe. Nazywa się to parowaniem podstawowym. Dlatego para zasad jest tworzona przez połączenie dwóch zasad azotowych za pomocą wiązań wodorowych. Bazowe parowanie Watsona i Cricka jest podejściem klasycznym lub standardowym, podczas gdy bazowe parowanie Hoogsteena to alternatywny sposób tworzenia par zasad.
