Kluczową różnicą między losową i imprintowaną inaktywacją X jest to, że losowa inaktywacja X jest inaktywacją ojcowskiego lub matczynego chromosomu X z równym prawdopodobieństwem w czasie gastrulacji w epiblast, podczas gdy imprintowana inaktywacja X jest nielosową inaktywacją X pochodzenia ojcowskiego X chromosom w tkankach pozazarodkowych ssaków.
Inaktywacja chromosomu X to proces obserwowany u samic ssaków. Ogólnie rzecz biorąc, kobiety mają dwa chromosomy X. U samic ssaków jeden chromosom X staje się nieaktywny. Innymi słowy, jeden chromosom X staje się strukturą nieaktywną transkrypcyjnie. Gdy to nastąpi, ten konkretny chromosom X pozostaje nieaktywny przez całe życie komórki i jej potomków w organizmie. Ponadto inaktywowany chromosom X kondensuje się w zwartą strukturę zwaną ciałem Barra i jest stabilnie utrzymywany w stanie cichym. Również proces inaktywacji X zależy od kontroli dwóch niekodujących komplementarnych RNA. Jednak inaktywacja X nie występuje u mężczyzn, którzy mają tylko jeden chromosom X. Ponadto inaktywacja X może nastąpić losowo lub w wyniku odcisku.
