Kluczowa różnica między hnRNA i mRNA polega na tym, że hnRNA to nieprzetworzony przedwczesny transkrypt mRNA zawierający introny, podczas gdy mRNA to przetworzony RNA, który nie zawiera intronów.
Istnieją różne typy RNA, a hnRNA i mRNA to dwa z nich. Heterogeniczny jądrowy RNA, znany również jako pre-mRNA, jest rodzajem pierwotnego transkryptu wytwarzanego wewnątrz jądra. Po wytworzeniu pre-mRNA jest potranskrypcyjnie przetwarzane na funkcjonalny mRNA, który może ulec translacji do białka w cytoplazmie. Dlatego hnRNA jest syntetyzowane z matrycy DNA i jest to nowo utworzone RNA przed obróbką. mRNA to sekwencja RNA, która przenosi informację genetyczną do produkcji białka. Jest to forma RNA po przetworzeniu. Ponadto mRNA przenosi kodony genetyczne z DNA w jądrze do rybosomów w celu syntezy białek.