Kluczową różnicą między fluksjonalnością a tautomeryzmem jest to, że fluksjonalność odnosi się do wymiany niektórych lub wszystkich atomów w cząsteczce, podczas gdy tautomeria odnosi się do wymiany protonów między cząsteczkami.
Oba terminy fluksjonalność i tautomeria odnoszą się do wymiany atomu (ów) między różnymi pozycjami, takimi jak pozycje osiowe i równikowe. Jeśli te różne pozycje leżą na tej samej cząsteczce, to jest to fluksjonalność. Ale jeśli wymieniony atom jest atomem wodoru (protonem), a pozycje znajdują się w dwóch różnych cząsteczkach, to nazywa się to tautomeryzmem.
