Kluczową różnicą między CRISPR i CRISPR Cas9 jest to, że CRISPR (skupione regularnie przeplatane krótkie powtórzenia palindromiczne) jest naturalnie występującym prokariotycznym mechanizmem obrony immunologicznej, podczas gdy CRISPR cas9 jest sterowaną RNA nukleazą Cas9, która jest częścią adaptacyjnego układu odpornościowego CRISPR.
CRISPR to przeciwwirusowy układ odpornościowy występujący w bakteriach i archeonach. Jest to rodzina sekwencji DNA występujących w genomie bakterii. Składa się z sekwencji rozdzielających, które pochodzą z fragmentów DNA bakteriofagów, które wcześniej je zainfekowały. W kolejnych infekcjach wirusowych bakterie wykorzystują te sekwencje do niszczenia wirusowego DNA. Sekwencje CRISPR mają krótkie powtórzenia palindromiczne i sekwencje przerywnikowe. Ponadto sekwencje przerywnikowe powtórzeń CRISPR często mają powiązane geny kodujące białka Cas. Cas9 jest endonukleazą sterowaną przez RNA. Wraz z sekwencjami CRISPR białko Cas9 działa jako adaptacyjny układ odpornościowy bakterii przeciwko bakteriofagom.
