Kluczową różnicą między Punnett Square a rodowodem jest to, że Punnett Square wykazuje wszystkie możliwe genotypy, które można odziedziczyć z dwóch rodzicielskich genotypów, podczas gdy rodowód reprezentuje rodzinną historię określonej cechy, zwłaszcza dziedziczenie genu.
Kwadrat Punnetta i rodowód to dwa rodzaje narzędzi, które pomagają określić prawdopodobieństwo dziedziczenia genów. Obie pokazują prawdopodobieństwo odziedziczenia określonej cechy po potomstwie. Innymi słowy, obie przewidują wzorce dziedziczenia w liniach rodzinnych. W związku z tym mogą pomóc określić ryzyko wystąpienia choroby dziedzicznej u dziecka. Kwadrat Punnetta to po prostu graficzny sposób pokazania wszystkich możliwych genotypów, które mogą wystąpić u dzieci z dwojga rodziców.