Kluczowa różnica - genotypowanie a sekwencjonowanie
Genotypowanie i sekwencjonowanie to dwie techniki wykonywane w celu uzyskania informacji o kwasach nukleinowych, głównie DNA organizmu. Kluczową różnicą między genotypowaniem a sekwencjonowaniem jest to, że genotypowanie jest procesem określania, jaki wariant genetyczny posiada dana osoba za pomocą markerów, podczas gdy sekwencjonowanie polega na określeniu prawidłowej kolejności sekwencji nukleotydów w danym fragmencie DNA.
SPIS TREŚCI
1. Omówienie i kluczowe różnice
2. Czym jest genotypowanie
3. Czym jest sekwencjonowanie
4. Porównanie bezpośrednie - genotypowanie a sekwencjonowanie
5. Podsumowanie
Co to jest genotypowanie?
Genotypowanie to określenie składu genetycznego osoby przy użyciu sekwencji DNA i markerów oraz porównanie i identyfikacja jej dziedziczenia. Genotypowanie jest ważne w biologii ewolucyjnej, biologii populacji, taksonomii, ekologii i genetyce organizmów. Można go przeprowadzić różnymi technikami, w tym sekwencjonowaniem DNA, reakcją łańcuchową polimerazy, polimorfizmem długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP), przypadkową amplifikowaną detekcją polimorficzną, polimorfizmem długości amplifikowanych fragmentów (AFLP), mikromacierzami DNA itp.
Genotypowanie obejmuje sekwencjonowanie poszczególnych małych fragmentów sekwencji DNA i ustalanie pokrewieństwa składu genetycznego z innymi osobnikami za pomocą markerów genetycznych. Określa polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP) wśród osobników lub określonych alleli. Genotypowanie ma zastosowanie do wielu organizmów, w tym ludzi. Ma również zastosowanie do mikroorganizmów, takich jak wirusy, grzyby itp. I może być stosowany do określania ich wariantów genetycznych za pomocą profili referencyjnych. W epidemiologii molekularnej i mikrobiologii sądowej zwalczanie patogenów, zwłaszcza mikroorganizmów, odbywa się na podstawie informacji uzyskanych z genotypowania. Genotypowanie jest bardzo ważne w analizie rodowodowej. Ludzie są genotypowani w celu potwierdzenia macierzyństwa i ojcostwa. Genotyp ujawni dominujące i recesywne allele genów, które decydują o określonych cechach.
Rysunek_1: Genotypowanie RFLP
Co to jest sekwencjonowanie?
Sekwencjonowanie to proces określania prawidłowej kolejności nukleotydów w danym fragmencie DNA lub RNA. Praktycznie wszystkie informacje potrzebne do wzrostu i rozwoju organizmu są zakodowane w jego genomie. Dostępność technik wytwarzania i rozdzielania fragmentów kwasów nukleinowych o długości kilkuset nukleotydów doprowadziła do opracowania procedur określania dokładnej sekwencji nukleotydowej danego fragmentu DNA lub RNA. Obecnie dostępne są różne rodzaje metod sekwencjonowania. Te metody sekwencjonowania, wraz z technologiami budowy bibliotek genomu reprezentujących cały genom organizmu, ułatwiają sekwencjonowanie całego genomu tego organizmu, dokonując dogłębnej analizy struktur genów, funkcji genów, lokalizacji genów, ekspresji genów, mapowanie genów, regiony regulatorowe genów itp.
Zsekwencjonowano i zmapowano łącznie genomy wielu wirusów, kilku bakterii, archebakterii, drożdży i kilku innych organizmów. Projekt genomu ludzkiego umożliwił sekwencjonowanie i mapowanie całego genomu ludzkiego oraz opublikowanie jego pierwszego szkicu w 2003 roku. Jest to kamień milowy w rozwoju biologii. Sekwencje genomu ludzkiego są obecnie wykorzystywane w sektorze medycznym do identyfikacji genetycznych przyczyn rzadkich chorób, badań przesiewowych ryzyka chorób u noworodków, identyfikacji szczegółów genetycznych różnych nowotworów, opracowywania nowych terapii i nowych narzędzi diagnostycznych itp.
W świecie roślin zsekwencjonowano genom ryżu i genomów Arabidopsis. Znajomość tych sekwencji niewątpliwie zrewolucjonizuje nasze rozumienie funkcjonowania komórek i organizmów.
Rysunek_2: Autoradiograf sekwencjonowania sangera
Jaka jest różnica między genotypowaniem a sekwencjonowaniem?
Porównaj środek artykułu przed tabelą
Genotypowanie a sekwencjonowanie |
|
| Genotypowanie to proces określania składu genetycznego osobnika i sprawdzania grupy lub taksonomii tego organizmu. | Sekwencjonowanie to proces określania dokładnej kolejności nukleotydów danego fragmentu DNA lub RNA. |
| Techniki | |
| RFLP, sekwencjonowanie genów, PCR, mikromacierze DNA, AFLP itp. | Sekwencjonowanie Sangera, sekwencjonowanie Gilberta, Pyrosequencing, Next Generation Sequencing, Shotgun sequencing itp. |
| Główne obawy | |
| Jest to bardziej zaniepokojone tym, czy różnice genotypów dają rzeczywiste różnice w fenotypie. | Jest to bardziej zaniepokojone kolejnością nukleotydów i jej różnicami i zmianami w innych organizmach. |
Podsumowanie - genotypowanie a sekwencjonowanie
Genotypowanie i sekwencjonowanie są przydatne do badania informacji genetycznej organizmów. Genotypowanie to proces określania wariacji genotypów między osobnikami i znajdowania ich kategorii. Sekwencjonowanie to proces określania prawidłowej kolejności nukleotydów w zainteresowanym fragmencie lub regionie DNA. Obie techniki dostarczają ważnych informacji o genach i genomach.
