Kluczowa różnica między acetylo-CoA i acylo-CoA polega na tym, że acetylo-CoA (lub acetylo-koenzym A) pomaga w metabolizmie białek, węglowodanów i lipidów, podczas gdy acylo-CoA (lub acylo-koenzym A) pomaga w metabolizmie kwasów tłuszczowych.
Acetylo CoA jest bardzo przydatny w dostarczaniu grupy acetylowej do cyklu Krebsa w celu produkcji energii. Grupę acetylową grupę funkcyjną, o wzorze chemicznym, -C (O) CH 3. Grupa acylowa jest również grupą funkcyjną o wzorze chemicznym –C (O) R, w którym grupa R jest łańcuchem bocznym kwasu tłuszczowego. Jest przydatny w produkcji energii poprzez przemianę w acetylo-CoA.
