Kluczowa różnica między ciałami Golgiego a mitochondriami polega na pełnionej przez nie funkcji. Główną funkcją ciał Golgiego (lub aparatu Golgiego) jest modyfikacja, sortowanie i pakowanie białek do wydzielania, podczas gdy główną funkcją mitochondriów jest wytwarzanie waluty energetycznej komórki (ATP) poprzez oddychanie.
Komórki eukariotyczne zawierają organelle komórkowe, takie jak ciała Golgiego, mitochondria, lizosomy, rybosomy, jądro itp. Są to niezbędne organelle niezbędne do funkcjonowania komórki. Ciała Golgiego są częścią systemu endomembranowego, który składa się z pęcherzyków i pofałdowanych błon, podczas gdy mitochondria są organellami w kształcie fasoli, które są związane z podwójną błoną i znajdują się w komórkach eukariotycznych.