Kluczowa różnica między HPLC i GC polega na tym, że HPLC wykorzystuje stałą fazę stacjonarną i ciekłą fazę ruchomą, podczas gdy GC wykorzystuje ciekłą fazę stacjonarną i gazową fazę ruchomą.
HPLC i GC to metody oddzielania związków z mieszaniny. Podczas gdy HPLC odnosi się do wysokociśnieniowej chromatografii cieczowej, GC to po prostu chromatografia gazowa. W związku z tym HPLC ma zastosowanie do składników, które są płynami, ale GC jest przydatna, gdy związki są w stanie gazowym lub ulegają odparowaniu podczas procesu separacji. Jednak oba mają tę samą podstawową zasadę, że ciężkie cząsteczki płyną wolniej niż lżejsze.