Kluczowa różnica między endotoksyną i egzotoksyną polega na tym, że endotoksyna jest lipopolisacharydem znajdującym się w ścianie komórkowej bakterii, podczas gdy egzotoksyna jest białkiem wydzielającym się na zewnątrz komórki bakteryjnej.
Toksigeneza to proces wytwarzania toksyn przez bakterie chorobotwórcze. Jest to jeden z głównych mechanizmów, za pomocą których bakterie wywołują choroby. Istnieją dwa rodzaje toksyn bakteryjnych: endotoksyny i egzotoksyny. Istnieje różnica między endotoksyną i egzotoksyną zarówno pod względem strukturalnym, jak i chemicznym. Ponadto inaczej działają na organizmy żywe. Ogólnie endotoksyny to lipopolisacharydy, podczas gdy egzotoksyny to białka.