Kluczowa różnica między DNA mitochondrialnym a DNA chloroplastów polega na tym, że mitochondrialne DNA jest obecne w mitochondriach komórek eukariotycznych, podczas gdy DNA chloroplastów jest obecne w chloroplastach komórek roślinnych.
Mitochondria i chloroplasty to dwa ważne organelle związane z błoną w komórkach eukariotycznych. Mitochondria to potęga komórek. Z drugiej strony chloroplasty są miejscami fotosyntezy u roślin. Uważa się, że zarówno mitochondria, jak i chloroplasty pochodzą od komórek prokariotycznych do komórek eukariotycznych poprzez endosymbiozę. Te dwie organelle zawierają własne DNA. Chociaż to DNA nie jest jądrowym DNA komórki i nie jest ważne dla funkcjonowania komórki, jest ważne dla niektórych właściwości organelli komórkowych.