Kluczową różnicą między mapą genetyczną a mapą połączeń jest rodzaj genów wykorzystywanych w procesie mapowania. Mapa genetyczna składa się ze wszystkich genów obecnych na określonym chromosomie, podczas gdy mapa sprzężeń składa się z połączonych genów obecnych na określonym chromosomie.
Mapa genetyczna i mapa powiązań to dwa rodzaje map chromosomów, które ilustrują geny znajdujące się na chromosomach. Mapa genetyczna pokazuje wszystkie geny, podczas gdy mapa powiązań pokazuje tylko połączone geny. Obie są bardzo przydatne w diagnozowaniu chorób i zaburzeń genetycznych. Ponadto aberracje chromosomowe można również wykryć za pomocą map genetycznych i map powiązań. Mapy sprzężeń dodatkowo dają wyobrażenie o ewolucji poszczególnych genów.
