Kluczowa różnica między antygenem a patogenem polega na tym, że antygen to obca substancja, toksyna lub cząsteczka, która może stymulować odpowiedź immunologiczną w celu wytworzenia przeciw niej, podczas gdy patogen to organizm, zwłaszcza drobnoustrój, który infekuje nasz organizm i powoduje choroby.
Patogeny to wszelkie obce organizmy, które powodują choroby u roślin i zwierząt żywicielskich. Antygen to cząsteczka znajdująca się w ścianie komórkowej bakterii lub w powłoce organizmów. Antygen powoduje, że nasz układ odpornościowy wytwarza przeciw nim przeciwciała i chroni nasz organizm przed szkodliwymi organizmami obcymi.