Kluczowa różnica między mykoplazmą a chlamydią polega na tym, że mykoplazma to rodzaj bakterii pozbawiony ściany komórkowej, podczas gdy chlamydia to rodzaj bakterii obejmujący pasożyty Gram-ujemne i obligatoryjne.
Gatunki Mycoplasma to najmniejsze dotychczas odkryte bakterie, posiadające najmniejsze genomy i minimalną liczbę wysoce niezbędnych organelli. Mycoplasma to bakterie bez ścianek. Dlatego nie mają określonego kształtu. Na ogół są to komórki o kształcie kulistym lub nitkowatym. Natomiast chlamydia to rodzaj bakterii posiadających ściany komórkowe. To bakterie Gram-ujemne. Zarówno mykoplazma, jak i chlamydia powodują choroby przenoszone drogą płciową. Co więcej, powodują podobne objawy, ale można je leczyć różnymi antybiotykami.