Kluczowa różnica między cyklem jajnikowym a cyklem miesiączkowym polega na tym, że cykl jajnikowy to cykl zachodzący w jajnikach, podczas gdy cykl miesiączkowy to cykl zachodzący w macicy związany ze ścianą macicy.
Cykl jajnikowy i cykl menstruacyjny to dwa cykle występujące u kobiet. Te dwa cykle przygotowują kobietę do poczęcia i urodzenia potomstwa oraz zostania matką. Oba cykle zachodzą w żeńskim układzie rozrodczym. Zatem są to cykle reagujące na hormony. Kobiety przechodzą te dwa cykle od dojrzewania do menopauzy. Seria wydarzeń ma miejsce podczas tych dwóch cykli, a są one głównie napędzane przez hormony. Kiedy zajdzie ciąża, oba cykle się zatrzymają, a dokonuje tego hormon zwany ludzką gonadotropiną kosmówkową (hCG).