Kluczowa różnica między plastochinonem a plastocyjaniną polega na tym, że plastochinon jest lipofilową cząsteczką nośnikową, która przenosi elektrony do plastocyjaniny poprzez kompleks białek cytochromu b6f. Ale plastocyjanina to małe, rozpuszczalne w wodzie białko z niebieską miedzią, które przyjmuje parę elektronów z kompleksu cytochromu b 6 f i przekazuje je do fotosystemu I w przestrzeni tylakoidów.
Fotosynteza ma dwa typy reakcji: reakcje zależne od światła i reakcje niezależne od światła. Te dwa typy fotosystemów odgrywają ważną rolę w reakcjach zależnych od światła. Są to fotosystemy I i II. Fotosystemy to duże kompleksy białek i pigmentów lub cząsteczek pochłaniających światło. Przechwytują energię ze światła słonecznego. P700 jest centrum reakcji fotosystemu I, podczas gdy P680 jest centrum reakcji fotosystemu II. Każdy fotosystem absorbuje światło i wytwarza ATP poprzez fotofosforylację. Produkują również NADPH. W reakcjach zależnych od światła bierze udział kilka typów akceptorów elektronów. Plastochinon i plastocyjanina to dwa rodzaje cząsteczek zaangażowanych w łańcuch transportu elektronów.
