Kluczową różnicą między kodominacją a wieloma allelami jest to, że kodominacja wyraża skutki obu alleli niezależnie, bez mieszania się w stanie heterozygotycznym, podczas gdy wiele alleli odnosi się do stanu cechy, która ma więcej niż dwa różne allele.
Ogólnie każdy gen ma dwa różne allele. Jeden jest allelem dominującym, a drugi allelem recesywnym. Zgodnie z dziedziczeniem mendlowskim, dominujący allel wyraża swój fenotyp, jednocześnie hamując allel recesywny w stanie heterozygotycznym. Jednak niektóre geny mają trzy lub więcej różnych alleli dla jednej cechy. Nazywa się je allelami wielokrotnymi. Co więcej, kodominacja jest dziedzictwem niemendlowskim. W tym zjawisku potomstwo otrzymuje oba geny rodzicielskie jako kombinację obu genów. Dlatego oba geny są jednakowo wyrażane u potomstwa.
