Kluczową różnicą między CDS i cDNA jest to, że CDS lub sekwencja kodująca jest częścią transkryptu, która jest faktycznie translowana na białko, podczas gdy sekwencja cDNA jest sekwencją DNA pochodzącą z mRNA przez odwrotną transkrypcję.
Gen to sekwencja nukleotydów, która koduje białko. Składa się z różnych regionów, takich jak region promotora, miejsce inicjacji transkrypcji, egzony, kodon start, introny i kodon stop. Dlatego gen zawiera zarówno sekwencje kodujące, jak i niekodujące. Sekwencje kodujące lub CDS odnoszą się do eksonów i dwóch kodonów, które są kodonem start i kodonem stop. Jest to sekwencja, która jest faktycznie tłumaczona na białko. Natomiast cDNA jest sekwencją DNA pochodzącą z mRNA w drodze odwrotnej transkrypcji.
