Kluczowa różnica między szczepionkami polisacharydowymi i skoniugowanymi polega na tym, że szczepionki polisacharydowe zawierają tylko wolne polisacharydy jako antygeny, podczas gdy szczepionki skoniugowane zawierają polisacharydy połączone z cząsteczką białka.
Szczepionki polisacharydowe i koniugaty to dwa rodzaje szczepionek. Szczepionki polisacharydowe zawierają tylko kapsułkę polisacharydową jako antygen stymulujący odpowiedź immunologiczną. Dlatego powodują znikomą odpowiedź immunologiczną w porównaniu ze szczepionkami skoniugowanymi. Szczepionki skoniugowane zawierają polisacharydy skoniugowane z białkiem immunogennym. Dlatego wywołują silniejszą odpowiedź immunologiczną. Co więcej, skoniugowane szczepionki ustanawiają pamięć komórek B i długotrwałą immunizację. Obecnie szczepionki skoniugowane w znacznym stopniu zastąpiły szczepionki polisacharydowe.