Kluczowa różnica między epistazą a plejotropią polega na tym, że epistaza to zjawisko, w którym jeden gen w jednym locus zmienia fenotypową ekspresję genu w innym locus, podczas gdy plejotropia wyjaśnia zjawisko, w którym pojedynczy gen wpływa na wiele cech fenotypowych.
Epistaza i plejotropia to dwa zjawiska genetyki. Epistaza występuje, gdy więcej niż jeden gen determinuje pojedynczy fenotyp. Dlatego w epistazie jeden gen wpływa na ekspresję innego genu zlokalizowanego w innym locus. W przeciwieństwie do plejotropii występuje, gdy jeden gen determinuje wiele fenotypów. Stąd jeden gen przyczynia się do wielu cech. Zarówno epistaza, jak i plejotropia są odmianami dziedziczenia mendlowskiego.
