Kluczowa różnica między samozgodnością gametofityczną i sporofityczną polega na tym, że w systemie samozgodności gametofitycznej o fenotypie pyłku decyduje jego genotyp gametofityczny haploidalny, podczas gdy w przypadku samozgodności sporofitycznej fenotyp pyłkowy jest określany przez diploidalny genotyp rośliny.
Samozgodność to mechanizm kontroli zapylenia roślin. Przede wszystkim zapobiega samozapyleniu i wymusza zapylenie krzyżowe, co jest ewolucyjnie korzystne. Samozgodność występuje w wyniku negatywnych oddziaływań chemicznych między pyłkiem a tkanką stylizowaną w ramach tego samego allelu. Chociaż pyłki i słupki są zdolne do życia i płodne, kiełkowanie pyłku nie zachodzi w tych roślinach. Kiedy nie dochodzi do kiełkowania pyłku, łagiewka pyłkowa nie może się uformować. Wtedy pyłki nie dostarczają męskich gamet do żeńskich w celu zapłodnienia. W rezultacie nie mogą produkować nasion.
Istnieją dwa główne systemy samozgodności, takie jak gametofityczna samozgodność i sporofityczna samozgodność. Są to systemy samozgodności z jednym miejscem, które są oparte na pojedynczym locus multi-allelicznym (S). To locus składa się z jednego słupka wyrażającego gen S i jednego genu S z ekspresją pyłku.
