Kluczowa różnica - Nick Translation vs Primer Extension
Translacja Nicka i wydłużanie startera to dwie ważne techniki stosowane w biologii molekularnej. Kluczowa różnica między translacją nicka a wydłużaniem startera polega na tym, że proces translacji nicka wytwarza znakowane sondy dla innych technik hybrydyzacji, podczas gdy metoda wydłużania startera identyfikuje określoną sekwencję RNA z mieszaniny i ujawnia informacje o ekspresji mRNA. Obie techniki mają ogromne znaczenie i są rutynowo wykonywane w laboratoriach badań molekularnych.
SPIS TREŚCI
1. Omówienie i kluczowa różnica
2. Czym jest Nick Translation
3. Co to jest Primer Extension
4. Porównanie obok siebie - Nick Translation vs Primer Extension
5. Podsumowanie
Co to jest Nick Translation?
Translacja Nicka jest ważną techniką stosowaną do przygotowania znakowanych sond do różnych technik biologii molekularnej, takich jak blotting, hybrydyzacja in situ, fluorescencyjna hybrydyzacja in situ itp. Jest to metoda znakowania DNA in vitro. Sondy DNA są używane do identyfikacji określonych sekwencji DNA lub RNA. Za pomocą znakowanej sondy można oznaczyć lub wizualizować określone fragmenty ze złożonej mieszaniny kwasów nukleinowych. Dlatego znakowane sondy są przygotowywane przy użyciu różnych technik do wykorzystania w różnych technikach. Translacja Nicka jest jedną z takich metod, która wytwarza znakowane sondy przy pomocy enzymów DNazy 1 i polimerazy DNA 1.
Proces translacji nicka rozpoczyna się od aktywności enzymatycznej DNazy 1. DNaza 1 wprowadza nacięcia w szkielecie fosforanowym dwuniciowego DNA przez rozszczepienie wiązań fosfodiestrowych pomiędzy nukleotydami. Po utworzeniu nici powstanie wolna grupa 3 'OH nukleotydu, na którą zadziała enzym polimeraza DNA 1. Aktywność egzonukleazy 5 'do 3' polimerazy DNA 1 usuwa nukleotydy od nacięcia w kierunku 3 'nici DNA. Jednocześnie działa aktywność polimerazy enzymu polimerazy DNA 1 i dodaje nukleotydy w celu zastąpienia usuniętych nukleotydów. Jeśli nukleotydy zostały wyznakowane, zastąpienie nastąpi przez wyznakowane nukleotydy i oznaczy DNA do identyfikacji. Ten nowo zsyntetyzowany znakowany DNA może być używany jako sondy w różnych reakcjach hybrydyzacji w biologii molekularnej.
Rysunek 01: Proces tłumaczenia Nicka
Co to jest Primer Extension?
Wydłużanie startera to technika, która jest używana do znalezienia specyficznej sekwencji RNA z mieszaniny RNA i zlokalizowania końca 5 'transkryptu mRNA. Służy również do badania struktury RNA i ekspresji. Metodę wydłużania starterów przeprowadza się za pomocą znakowanych starterów lub wyznakowanych nukleotydów. Jeśli stosuje się znakowane startery, wyklucza to potrzebę znakowania nukleotydów, które są używane do syntezy cDNA. Ta technika obejmuje kilka kroków. Rozpoczyna się od ekstrakcji RNA z próbki. Następnie do mieszaniny dodaje się wyznakowany starter oligonukleotydowy wraz z niezbędnymi składnikami do syntezy cDNA o określonej sekwencji RNA. Primer wygrzewa się z komplementarną sekwencją z mieszaniny. Używając sekwencji przyłączonej do startera jako szablonu,enzym odwrotna transkryptaza syntetyzuje komplementarne DNA (cDNA) sekwencji RNA. Łączenie starterów i odwrotna transkrypcja zachodzą tylko wtedy, gdy w próbce występuje specyficzna sekwencja RNA. Wreszcie, gdy przeprowadza się elektroforezę w żelu denaturującym, można określić rozmiar sekwencji RNA. Łatwo jest również znaleźć zasadę +1 sekwencji mRNA (miejsce inicjacji transkrypcji) metodą wydłużania startera. Ilość mRNA obecnego w próbce można określić ilościowo tą metodą, jeśli użyty zostanie nadmiar startera. Łatwo jest również znaleźć zasadę +1 sekwencji mRNA (miejsce inicjacji transkrypcji) metodą wydłużania startera. Ilość mRNA obecnego w próbce można określić ilościowo tą metodą, jeśli użyty zostanie nadmiar startera. Łatwo jest również znaleźć zasadę +1 sekwencji mRNA (miejsce inicjacji transkrypcji) metodą wydłużania startera. Ilość mRNA obecnego w próbce można określić ilościowo tą metodą, jeśli użyty zostanie nadmiar startera.
Rysunek 02: Przedłużenie podkładu
Jaka jest różnica między Nick Translation a Primer Extension?
Porównaj środek artykułu przed tabelą
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Translacja Nicka to proces, w którym tworzone są znakowane sondy DNA dla różnych reakcji hybrydyzacji. | Wydłużanie startera to technika używana do znajdowania specyficznego RNA lub badania ekspresji genów. |
| Używane enzymy | |
| Stosowane są enzymy DNaza 1 i polimeraza DNA. | Stosowany jest enzym odwrotnej transkryptazy. |
| Znaczenie | |
| Tłumaczenie nicka ułatwia oznaczenie określonej sekwencji DNA. | Wydłużenie startera umożliwia wykrycie określonej wielkości sekwencji mRNA i ilości obecnej w próbce. |
Podsumowanie - Nick Translation vs Primer Extension
Translacja Nicka to metoda stosowana do syntezy znakowanych sond w oparciu o aktywność enzymów DNAzy 1 i polimerazy DNA E. coli 1. Jest to metoda in vitro stosowana w laboratoriach przed różnymi technikami hybrydyzacji. Podczas translacji nici aktywność egzonukleazy 5'-3 'polimerazy DNA 1 usuwa nukleotydy przed nacięciem, a aktywność polimerazy polimerazy DNA 1 zastępuje usunięte nukleotydy wyznakowanymi nukleotydami za nacięciem. Wydłużanie startera jest metodą stosowaną do wykrywania specyficznego transkryptu RNA z mieszaniny i ilościowego określania wielkości i ilości RNA będącego przedmiotem zainteresowania. Na tym polega różnica między tłumaczeniem nicka a rozszerzeniem startera.
