Kluczowa różnica - sekwencjonowanie egzomu vs RNA
Sekwencjonowanie kwasu nukleinowego to technika, która określa kolejność nukleotydów w określonym fragmencie DNA lub RNA organizmu. Sekwencjonowanie jest ważne w identyfikacji składu DNA i RNA komórki i rozróżnianiu pewnych genów, które kodują funkcjonalne białka; w ten sposób sekwencjonowanie można wykorzystać do zrozumienia mutacji tych genów i ekspresji genów. Metoda sekwencjonowania Sangera lub bardziej zaawansowane metody sekwencjonowania nowej generacji to powszechnie stosowane metody sekwencjonowania. Sekwencjonowanie egzomów to sekwencjonowanie całego zestawu eksonów lub kodujących regionów DNA obecnych w organizmie, podczas gdy sekwencjonowanie RNA jest procedurą sekwencjonowania kwasów rybonukleinowych (RNA). To jest kluczowa różnica między sekwencjonowaniem egzomu i RNA.
ZAWARTOŚĆ
1. Przegląd i kluczowe różnice
2. Co to jest sekwencjonowanie egzomu
3. Co to jest sekwencjonowanie RNA
4. Podobieństwa między sekwencjonowaniem egzomu i RNA
5. Porównanie obok siebie - sekwencjonowanie egzomu i RNA w formie tabelarycznej
6. Podsumowanie
Co to jest sekwencjonowanie Exome?
Egzom jest podzbiorem genomu, który składa się z genów kodujących określonego organizmu. Geny kodujące nazywane są eksonami i są transkrybowane do mRNA, a następnie tłumaczone na sekwencje aminokwasowe. Podczas modyfikacji potranskrypcyjnych mechanizm składania RNA u eukariotów usuwa introny (regiony niekodujące), a egzony pozostają. Istnieją dwie główne techniki, w których przeprowadza się sekwencjonowanie egzomów: oparte na rozwiązaniach i na macierzach.
W sekwencjonowaniu egzomów w roztworze próbki DNA są fragmentowane przy użyciu enzymów restrykcyjnych lub metody mechanicznej i denaturowane przez ciepło. W tej technice biotynylowane sondy oligonukleotydowe (przynęty) są używane do selektywnej hybrydyzacji z docelowymi regionami w genomie. Do etapu wiązania stosuje się kulki magnetycznej streptawidyny. Po wiązaniu następuje etap przemywania, w którym niezwiązane i niedocelowe sekwencje są wymywane. Związane cele są następnie amplifikowane przy użyciu reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), a następnie sekwencjonowane przy użyciu technik sekwencjonowania Sangera lub sekwencjonowania następnej generacji.
Rysunek 01: Sekwencjonowanie egzomu
Metoda oparta na macierzy jest również podobna do metody opartej na roztworze, z tym wyjątkiem, że fragmenty DNA są wychwytywane do mikromacierzy, a następnie następuje wiązanie i etapy przemywania przed sekwencjonowaniem.
Sekwencjonowanie egzomu jest wykorzystywane w wielu zastosowaniach, takich jak diagnostyka genetyczna chorób, terapia genowa, identyfikacja nowych markerów genetycznych, rolnictwo do identyfikacji różnych korzystnych cech agronomicznych oraz w procedurach hodowli roślin.
Co to jest sekwencjonowanie RNA?
Sekwencjonowanie RNA opiera się na transkryptomie, który jest kompletnymi transkryptami komórki. Kluczowymi celami sekwencjonowania RNA jest skatalogowanie wszystkich gatunków transkryptu, w tym mRNA, niekodującego RNA i małego RNA, w celu określenia struktury transkrypcyjnej genów i ilościowego określenia poziomów ekspresji każdego transkryptu podczas rozwoju. Podczas sekwencjonowania RNA początkowo zastosowano do sekwencjonowania technologie hybrydyzacji (które były komplementarnym DNA pochodzącym z dojrzałych sekwencji mRNA). Obecnie do sekwencjonowania RNA stosuje się dokładniejszą i bardziej zaawansowaną technikę przelotową.
Rysunek 02: Sekwencjonowanie RNA
W sekwencjonowaniu RNA próbka RNA, która może być całkowitym RNA lub frakcjonowanym RNA, jest konwertowana do jej komplementarnego DNA (cDNA) przy użyciu odwrotnej transkrypcji i przygotowywana jest biblioteka cDNA. Każdy fragment cDNA jest przyłączony do adapterów po obu stronach (sekwencjonowanie par końców) lub po jednej stronie (sekwencjonowanie z jednym końcem). Te oznaczone sekwencje są sekwencjonowane przy użyciu sekwencjonowania Sangera lub następnej generacji, jak sekwencjonowanie egzomu.
Jakie są podobieństwa między sekwencjonowaniem egzomu i RNA?
- Krótkie wybrane fragmenty lub cały zestaw DNA / RNA można wykorzystać do sekwencjonowania egzomu lub RNA.
- Zsekwencjonowane fragmenty są zachowane w bibliotekach.
- Można zastosować sekwencjonowanie Sangera lub sekwencjonowanie nowej generacji.
- Obie są metodami sekwencjonowania in vitro.
- Zsekwencjonowane fragmenty można określić za pomocą znaczników fluorescencyjnych.
Jaka jest różnica między sekwencjonowaniem egzomu i RNA?
Porównaj środek artykułu przed tabelą
Sekwencjonowanie egzomu vs RNA |
|
| Sekwencjonowanie egzomów to sekwencjonowanie całego zestawu eksonów lub kodujących regionów DNA obecnych w organizmie. | Sekwencjonowanie RNA odnosi się do procedury sekwencjonowania kwasów rybonukleinowych (RNA); transkryptom. |
| Próbka startowa | |
| Genomowe DNA jest próbką wyjściową do sekwencjonowania egzomu. | RNA to wyjściowa próbka do sekwencjonowania RNA. |
| Kompozycja | |
| Zawiera tylko regiony kodujące całego DNA, znane jako egzony | Zawiera RNA-mRNA / transkryptom. |
| Sekwencjonowanie | |
| Istnieją dwie główne metody sekwencjonowania egzomów; technologie oparte na rozwiązaniach i macierzach. | Sekwencjonowanie RNA odbywa się poprzez przygotowanie biblioteki cDNA poprzez ekstrakcję całkowitego RNA lub fragmentowanego RNA. |
Podsumowanie - sekwencjonowanie Exome vs RNA
Egzom to kompletny zestaw regionów kodujących organizmu, a techniki zaangażowane w określanie dokładnej kolejności nukleotydów egzomu są znane jako sekwencjonowanie egzomu. Sekwencjonowanie RNA to technika wykorzystywana do określania kolejności nukleotydów RNA organizmu. Na tym polega różnica między sekwencjonowaniem egzomu i RNA.
Pobierz wersję PDF programu Exome vs RNA Sequencing
Możesz pobrać wersję PDF tego artykułu i używać jej w trybie offline, zgodnie z notą cytowania. Proszę pobrać wersję PDF tutaj. Różnica między sekwencjonowaniem Exome i RNA
