Różnica Między Sekwencjonowaniem Egzomu I RNA

2024 Autor: Mildred Bawerman | [email protected]. Ostatnio zmodyfikowany: 2023-12-16 08:41

Kluczowa różnica - sekwencjonowanie egzomu vs RNA

Sekwencjonowanie kwasu nukleinowego to technika, która określa kolejność nukleotydów w określonym fragmencie DNA lub RNA organizmu. Sekwencjonowanie jest ważne w identyfikacji składu DNA i RNA komórki i rozróżnianiu pewnych genów, które kodują funkcjonalne białka; w ten sposób sekwencjonowanie można wykorzystać do zrozumienia mutacji tych genów i ekspresji genów. Metoda sekwencjonowania Sangera lub bardziej zaawansowane metody sekwencjonowania nowej generacji to powszechnie stosowane metody sekwencjonowania. Sekwencjonowanie egzomów to sekwencjonowanie całego zestawu eksonów lub kodujących regionów DNA obecnych w organizmie, podczas gdy sekwencjonowanie RNA jest procedurą sekwencjonowania kwasów rybonukleinowych (RNA). To jest kluczowa różnica między sekwencjonowaniem egzomu i RNA.

ZAWARTOŚĆ

1. Przegląd i kluczowe różnice

2. Co to jest sekwencjonowanie egzomu

3. Co to jest sekwencjonowanie RNA

4. Podobieństwa między sekwencjonowaniem egzomu i RNA

5. Porównanie obok siebie - sekwencjonowanie egzomu i RNA w formie tabelarycznej

6. Podsumowanie

Co to jest sekwencjonowanie Exome?

Egzom jest podzbiorem genomu, który składa się z genów kodujących określonego organizmu. Geny kodujące nazywane są eksonami i są transkrybowane do mRNA, a następnie tłumaczone na sekwencje aminokwasowe. Podczas modyfikacji potranskrypcyjnych mechanizm składania RNA u eukariotów usuwa introny (regiony niekodujące), a egzony pozostają. Istnieją dwie główne techniki, w których przeprowadza się sekwencjonowanie egzomów: oparte na rozwiązaniach i na macierzach.

W sekwencjonowaniu egzomów w roztworze próbki DNA są fragmentowane przy użyciu enzymów restrykcyjnych lub metody mechanicznej i denaturowane przez ciepło. W tej technice biotynylowane sondy oligonukleotydowe (przynęty) są używane do selektywnej hybrydyzacji z docelowymi regionami w genomie. Do etapu wiązania stosuje się kulki magnetycznej streptawidyny. Po wiązaniu następuje etap przemywania, w którym niezwiązane i niedocelowe sekwencje są wymywane. Związane cele są następnie amplifikowane przy użyciu reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), a następnie sekwencjonowane przy użyciu technik sekwencjonowania Sangera lub sekwencjonowania następnej generacji.

Rysunek 01: Sekwencjonowanie egzomu

Metoda oparta na macierzy jest również podobna do metody opartej na roztworze, z tym wyjątkiem, że fragmenty DNA są wychwytywane do mikromacierzy, a następnie następuje wiązanie i etapy przemywania przed sekwencjonowaniem.

Sekwencjonowanie egzomu jest wykorzystywane w wielu zastosowaniach, takich jak diagnostyka genetyczna chorób, terapia genowa, identyfikacja nowych markerów genetycznych, rolnictwo do identyfikacji różnych korzystnych cech agronomicznych oraz w procedurach hodowli roślin.

Co to jest sekwencjonowanie RNA?

Sekwencjonowanie RNA opiera się na transkryptomie, który jest kompletnymi transkryptami komórki. Kluczowymi celami sekwencjonowania RNA jest skatalogowanie wszystkich gatunków transkryptu, w tym mRNA, niekodującego RNA i małego RNA, w celu określenia struktury transkrypcyjnej genów i ilościowego określenia poziomów ekspresji każdego transkryptu podczas rozwoju. Podczas sekwencjonowania RNA początkowo zastosowano do sekwencjonowania technologie hybrydyzacji (które były komplementarnym DNA pochodzącym z dojrzałych sekwencji mRNA). Obecnie do sekwencjonowania RNA stosuje się dokładniejszą i bardziej zaawansowaną technikę przelotową.

Rysunek 02: Sekwencjonowanie RNA

W sekwencjonowaniu RNA próbka RNA, która może być całkowitym RNA lub frakcjonowanym RNA, jest konwertowana do jej komplementarnego DNA (cDNA) przy użyciu odwrotnej transkrypcji i przygotowywana jest biblioteka cDNA. Każdy fragment cDNA jest przyłączony do adapterów po obu stronach (sekwencjonowanie par końców) lub po jednej stronie (sekwencjonowanie z jednym końcem). Te oznaczone sekwencje są sekwencjonowane przy użyciu sekwencjonowania Sangera lub następnej generacji, jak sekwencjonowanie egzomu.

Jakie są podobieństwa między sekwencjonowaniem egzomu i RNA?

• Krótkie wybrane fragmenty lub cały zestaw DNA / RNA można wykorzystać do sekwencjonowania egzomu lub RNA.
• Zsekwencjonowane fragmenty są zachowane w bibliotekach.
• Można zastosować sekwencjonowanie Sangera lub sekwencjonowanie nowej generacji.
• Obie są metodami sekwencjonowania in vitro.
• Zsekwencjonowane fragmenty można określić za pomocą znaczników fluorescencyjnych.

Jaka jest różnica między sekwencjonowaniem egzomu i RNA?

Porównaj środek artykułu przed tabelą

Sekwencjonowanie egzomu vs RNA
Sekwencjonowanie egzomów to sekwencjonowanie całego zestawu eksonów lub kodujących regionów DNA obecnych w organizmie.	Sekwencjonowanie RNA odnosi się do procedury sekwencjonowania kwasów rybonukleinowych (RNA); transkryptom.
Próbka startowa
Genomowe DNA jest próbką wyjściową do sekwencjonowania egzomu.	RNA to wyjściowa próbka do sekwencjonowania RNA.
Kompozycja
Zawiera tylko regiony kodujące całego DNA, znane jako egzony	Zawiera RNA-mRNA / transkryptom.
Sekwencjonowanie
Istnieją dwie główne metody sekwencjonowania egzomów; technologie oparte na rozwiązaniach i macierzach.	Sekwencjonowanie RNA odbywa się poprzez przygotowanie biblioteki cDNA poprzez ekstrakcję całkowitego RNA lub fragmentowanego RNA.

Podsumowanie - sekwencjonowanie Exome vs RNA

Egzom to kompletny zestaw regionów kodujących organizmu, a techniki zaangażowane w określanie dokładnej kolejności nukleotydów egzomu są znane jako sekwencjonowanie egzomu. Sekwencjonowanie RNA to technika wykorzystywana do określania kolejności nukleotydów RNA organizmu. Na tym polega różnica między sekwencjonowaniem egzomu i RNA.

Pobierz wersję PDF programu Exome vs RNA Sequencing

Możesz pobrać wersję PDF tego artykułu i używać jej w trybie offline, zgodnie z notą cytowania. Proszę pobrać wersję PDF tutaj. Różnica między sekwencjonowaniem Exome i RNA