Kluczowa różnica między chlorem wolnym a chlorem całkowitym polega na tym, że chlor wolny to ilość chloru, która może dezaktywować mikroorganizmy chorobotwórcze obecne w wodzie, podczas gdy chlor całkowity to suma chloru związanego i chloru wolnego. Wartość wolnego chloru jest zawsze niższa niż wartość całkowitego chloru.
Chlor związany to ilość chloru, która reaguje ze związkami azotowymi obecnymi w wodzie. Dlatego ten chlor nie jest dostępny do dezynfekcji wody. Oznacza to, że termin całkowity chlor określa całkowitą ilość chloru, która jest dostępna i niedostępna do inaktywacji patogennych (wywołujących choroby) mikroorganizmów w wodzie.