Kluczową różnicą między późną dyskinezą a dystonią jest to, że późna dyskineza jest zawsze wtórna w stosunku do długotrwałego stosowania neuroleptyków, ale dystonia może być spowodowana różnymi innymi przyczynami. Ponadto dystonia to nieprawidłowe napięcie mięśni powodujące skurcze mięśni lub nieprawidłową postawę. Natomiast późna dyskineza odnosi się do niekontrolowanych ust i grymasów mlaskania, które rozwijają się po długotrwałym stosowaniu neuroleptyków.
Oba te stany są nieprawidłowymi zaburzeniami ruchu; dystonie obejmują różnorodne zaburzenia ruchowe, które występują z różnych przyczyn, podczas gdy późne dyskinezy są tylko podgrupą pierwotnych dystonii.