Kluczowa różnica między pirydyną a pirymidyną polega na tym, że struktura pirydyny przypomina strukturę benzenu z jedną grupą metylową zastąpioną atomem azotu, podczas gdy struktura pirymidyny, choć również przypomina strukturę benzenu, ma dwie grupy metylowe zastąpione atomami azotu.
Pirydyna i pirymidyna to związki organiczne. Nazywa się je heterocyklicznymi związkami organicznymi, ponieważ są to struktury cykliczne zawierające dwa różne typy atomów tworzących pierścień. Te struktury pierścieniowe zawierają atomy węgla i azotu.