Kluczowa różnica między genetyką klasyczną a współczesną polega na tym, że genetyka klasyczna jest genetyką mendlowską lub starszą koncepcją genetyki, która wyraża się wyłącznie w oparciu o fenotypy wynikające z eksperymentów hodowlanych, podczas gdy współczesna genetyka jest nową koncepcją genetyki, która pozwala na bezpośrednie badanie genotypów wraz z fenotypami.
Wielki naukowiec Gregor Mendel jest ojcem Genetyki. Mendel wprowadził kilka praw dotyczących dziedziczenia cech i tego, jak cechy przechodzą z rodzica na potomstwo. W ten sposób jego odkrycia stały się podstawą całkowicie nowej koncepcji odkrytej później w genetyce. Dlatego genetyka klasyczna i genetyka współczesna to dwie odrębne koncepcje. Jednak genetyka klasyczna jest podstawą współczesnej genetyki.
