Kluczową różnicą między apomorfią a pleziomorfią jest to, że apomorfia odnosi się do cechy, która jest unikalna dla kladu i występuje u wszystkich potomków tego konkretnego kladu, podczas gdy pleziomorfia odnosi się do cechy, która jest obecna w kladzie, ale może nie być obecna w wszyscy członkowie kladu.
W filogenetyce kladystyka jest obszarem, który klasyfikuje organizmy na klady lub grupy na podstawie cech odziedziczonych przez przodków. Jest to bardzo wiarygodna forma badań, która pomaga analizować relacje ewolucyjne i filogenetyczne. Do opisania cech charakterystycznych każdego kladu można użyć różnych terminologii, takich jak apomorfia, plezjomorfia, autapomorfia, synapomorfia i homoplazja, itp. Wśród nich apomorfia i pleziomorfia to terminy względne. W tych badaniach oprogramowanie komputerowe jest naprawdę pomocne w badaniu charakterystyk i cech apomorfii i plezjomorfii.
