Kluczowa różnica między cząsteczką a atomem polega na tym, że cząsteczka jest połączeniem dwóch lub więcej atomów poprzez wiązanie chemiczne, podczas gdy atom jest indywidualną substancją chemiczną, która może łączyć się ze sobą, tworząc cząsteczki i jony.
Cała materia na świecie składa się z atomów i cząsteczek, dlatego możemy uważać je za budulec wszystkiego na tej planecie, w tym nas. Mówiąc prościej można powiedzieć, że najbardziej podstawową, a zarazem najmniejszą jednostką dowolnego pierwiastka chemicznego jest atom. Pierwiastek chemiczny to rodzaj atomów. Na przykład najmniejszą jednostką tlenu gazowego jest atom tlenu; możemy to przedstawić za pomocą litery O. Jednak ten atom tlenu nie istnieje niezależnie i tylko wtedy, gdy połączy się chemicznie z innym atomem tlenu, staje się stabilny. Następnie staje się cząsteczką, którą możemy przedstawić za pomocą wzoru chemicznego O 2.
