Kluczowa różnica między krwią pępowinową a komórkami macierzystymi szpiku kostnego polega na tym, że komórki macierzyste krwi pępowinowej to komórki krwiotwórcze, które są obecne w pępowinie noworodka po porodzie, podczas gdy komórki macierzyste szpiku kostnego są komórkami macierzystymi obecnymi w szpiku kostnym tkanki osobników.
Przeszczep komórek macierzystych jest powszechną procedurą terapeutyczną, w której pacjent otrzymuje dawkę komórek krwiotwórczych (macierzystych) w celu zastąpienia własnych zniszczonych komórek chorobą lub innymi procedurami terapeutycznymi. Zarówno komórki macierzyste krwi pępowinowej, jak i komórki macierzyste szpiku kostnego mają cele terapeutyczne (przeszczepy). Stąd powszechnym zastosowaniem tych komórek macierzystych jest zastępowanie niezdrowych komórek zdrowymi. Klinicznie najczęstszym źródłem zdrowych komórek są komórki pępowiny i komórki szpiku kostnego.
