Kluczową różnicą między endosymbiozą a inwazją jest to, że endosymbioza jest teorią, która wyjaśnia pochodzenie mitochondriów i chloroplastów wewnątrz komórki eukariotycznej, podczas gdy inwazja jest procesem wyjaśniającym pochodzenie jądra i innych organelli komórkowych poprzez tworzenie wgłębienia z osocza membrana do wnętrza komórki.
Naukowcy uważają, że komórki eukariotyczne wyewoluowały z komórek prokariotycznych. Opracowali wiele teorii, aby wyjaśnić, jak doszło do tej ewolucji. Endosymbioza jest jedną z takich teorii, która wyjaśnia pochodzenie mitochondriów i chloroplastów wewnątrz komórek eukariotycznych z bakterii prokariotycznych. Natomiast inwazja jest procesem, który wyjaśnia pochodzenie jądra i innych organelli związanych z błoną wewnątrz komórki eukariotycznej.
