Kluczowa różnica między endosymbiozą a symbiozą polega na tym, że endosymbioza to teoria opisująca, w jaki sposób mitochondria i chloroplasty wnikały do komórek eukariotycznych, podczas gdy symbioza to długotrwała interakcja między dwoma różnymi żywymi gatunkami.
Organizmy w ekosystemie oddziałują ze sobą na różne sposoby. Symbioza to interakcja, która istnieje między dwoma różnymi gatunkami żyjącymi razem. Niektóre interakcje przynoszą korzyści obu stronom, a niektóre pozostają neutralne. Jednak niektóre inne interakcje są szkodliwe dla jednej strony, zwłaszcza dla organizmu gospodarza, podczas gdy druga strona otrzymuje korzyści kosztem gospodarza. Widzimy wszystkie te rodzaje interakcji w ekosystemie. Jednak tego rodzaju interakcje są niezbędne dla stabilności ekosystemu. Z drugiej strony endosymbioza jest teorią wyjaśniającą pochodzenie komórki eukariotycznej z komórki prokariotycznej.
